Основная деятельность факультета направлена на подготовку кадров в области  санитарно-эпидемиологического надзора, основной работой которого является  предупреждение и снижение заболеваемости населения, оценка влияния факторов окружающей среды, проведение научных исследований в области гигиены и эпидемиологии, развитие управления качеством и риском в здравоохранении, обеспечение рационального управления на разных уровнях органов здравоохранения.

-Общая гигиена;

- Медицинская экология;

- Коммунальная гигиена;

- Военная гигиена;

- Гигиена питания;

- Гигиена труда;

- Гигиена детей и подростков;

- Радиационная гигиена.

Сотрудники кафедры работают совместно с иностранными компаниями: ВОЗ КР, MercyCorps КР, и оказывают практическую помощь Министерству Здравоохранения КР – разработка физиологических норм питания отдельных групп населения;  Министерству Социальной защиты КР – разработка минимальной потребительской корзины;  Министерству Экономического развития КР – разработка технического регламента по качеству и безопасности пищевых продуктов.

На кафедре защищено 5 докторских и 25 кандидатских диссертаций. Изданы 4 монографии, 5 учебников на кыргызском языке и более 50 методических пособий и рекомендаций. Выполняются научные работы по гранту финансируемому МОН КР.

На профильной кафедре гигиенических дисциплин, факультета медико-профилактическое дело, при грантовой поддержке Японского посольства открыта лаборатория по определению качества и безопасности пищевых продуктов. Лаборатория оснащена современными приборами из России, Германии, Швейцарии, Японии и Америки; такими как, приборы Къельдаля (определение белка), Сокслета (определение жира), рефрактометр (определение углеводов), спектрофотометр и электрический микроскоп с программным обеспечением и другое оборудование, которые позволяют качественно проводить исследования, и гарантируют точные результаты проводимых анализов.