Военная кафедра КГМИ была создана в начале Великой Отечественной  войны в октябре 1941 года, когда остро ощущалась нехватка врачебных кадров в деле организации оказания медицинской помощи раненным и больным на фронтах бывшего СССР. Первоначально это была кафедра «Санитарной обороны», с 1942 года переименована в кафедру «Военно-санитарной подготовки». С 1944 года эта кафедра «Военно – медицинской подготовки». С момента создания «Военной кафедры» с 1983 года ее начальниками были профессора: Стереин Э.Я., Петерсон В.К., полковники м/с Тюняев С.П., Шведко П.Д., Кулиджанов И.Л., Бадалов В.А., Веренок И.Л., Юрченко П.А., Дидиченко В.М., Дергунов А.В., Идирисов А.Н., Исмаилов А.А., Женалиев Т.Б.

• Общевоинская подготовка ( ОВП).
•  Организация и тактика медицинской службы (ОТМС).
•  Военная токсикология и медицинская защита (ВТМЗ).
•  Экстремальная медицина (ЭМ).

Подготовка студентов на военной кафедре осуществляется по  «Программе подготовки офицеров запаса из числа студентов КГМИ». Программа утверждена Министерством здравоохранения КР и  согласована с МО КР 29 мая 1995г.

Изучение военной дисциплины начинается со 2-го курса.