Кафедра детских болезней организована в 1942 году.

1962-1970гг функционировали две кафедры педиатрии – отдельно для лечебного и педиатрического факультетов.

1. С 1970 года кафедра разделена на 4 отдельных кафедр: кафедра госпитальной педиатрии, возглавляемая профессором Шаганом Б.Ф.(1970-1974 г.г.), доцентом Р.Ю. Ташматовой (1974-1985г.г.).
2. кафедра факультетской педиатрии с курсом пропедевтики детских болезней, возглавляемая профессором Т.И. Покровской. --- кафедра детских инфекций, заведующие - профессор Златковская Н.М., доцент Пеннер Я.Д., д. м.н. Кадырова Р.М.(с 1995г.)
3. кафедра детской хирургии, возглавляемая профессором В.С.Кононовым(1970-1997г.г.),профессором Х.И. Абдурахмановым (с 1997-2002г.) д.м.н. Омурбековым Т.О. (с 2002г.)
4. кафедрой детских болезней лечебного факультета в дальнейшем заведуют доцент П.П.Афанасенко (1970-1977 г.г.), доцент О.М.Миршакиров (1977- 1994г.г.), профессор С.Д. Боконбаева (с 1995 года).

С 1992 по 1997 гг. кафедру возглавлял профессор К.К. Кожоназаров - высококвалифицированный специалист в области детской гастроэнтерологии и эндоскопии, который внес большой вклад в разработку и совершенствование методов лечения язвенной болезни желудка, 12-перстной кишки и гастродуоденитов у детей. Опубликовано более 150 научных трудов, 4 монографии, 12 методических разработок, имел патенты на изобретение и рационализаторские предложения. Награжден Почетными грамотами Президиума Верховного Совета Киргизии, Минздрава Киргизии, отличник здравоохранения, заслуженный врач республики.

С 1997-2011 гг. кафедру возглавлял профессор С.С. Бакасов. Высококвалифицированный специалист в области детской кардиоревматологии. Провел большое количество научных экспедиций по всем климатогеографическим районам нашей республики по изучению сердечно-сосудистых заболеваний у детей школьного возраста. Им разработаны мероприятия по оздоровлению школьников Кыргызской Республики. Опубликовано 176 научных трудов, 32 методических разработок и 1 монография. Награжден Почетными грамотами Министерства здравоохранения и Министерства образования и науки, отличник здравоохранения и образования. В 2008 году присвоено звание«Учитель года». Подготовлено 6 кандидатов наук.

 С 2011 года кафедрой руководит Алымбаев Эркин Шакирович, доктор медицинских наук, отличник здравоохранения КР.

1) «Детские болезни» для факультета «Педиатрия»: «Заболевания детей раннего возраста», «Детская нефрология», «Детская эндокринология»,

«Детская гастроэнтерология», «Детская пульмонология»,

2) для факультета «Лечебное дело» - модули: «Заболевания детей раннего возраста», «Детская нефрология», «Детская эндокринология», «Детская гастроэнтерология»,

3) для факультета МПД – «Детские болезни»

1) ЦСМ №3,  ул. Логвиненко 30/1;

2) НЦОМиД I,  ул.Ахунбаева 190;

3) НЦОМиД II,  ул.Тоголока Молдо 1.