Межотраслевой учебно-научный центр биомедицинских исследований (МУНЦ БМИ) является научно-исследовательским и учебно-образовательным структурным подразделением созданной на базе КГМА и лаборатории скрининга и молекулярного моделирования биологически активных соединений (БАС) Национальной Академии наук Кыргызской Республики. Для создания центра было решение НАН КР (постановление Президиума НАН КР от 15.09.09 г., №68), решение Ученого Совета

КГМА (от 25.09.09г., №2) в соответствии с соглашением (от 24.02.10 г) между НАН и КГМА им. И.К. Ахунбаева было составлено положение  МУНЦ БМИ. При МУНЦ БМИ сохранен ЦНИЛ (заведующим  ЦНИЛа по финансированным темам является на 0,5 ставок Чакеев И. Ш. и оплачивается его ставка МОиНом).

МУНЦ БМИ создали в целях интеграции вузовской и академической науки, объединения усилий научного и материально-технического потенциала для разработки фундаментальных проблем биологии и медицины.

В МУНЦ БМИ имеется лаборатории: ПЦР, биохимическая и патоморфология (где работают онкологии, выполняющие финансовую тему МОиН на 2019 год).

Произведен ремонт в подвальном помещении в МУНЦ БМИ, где созданы: лаборатории для сбора анализов,  операционные комнаты для экспериментов, комната для стерилизации, барокамера, комната для сварщика, а также комнаты для животных (кроликов и лягушек и крыс). Имеются комнаты - для рабочего по уходу за крысами и для работников по уходу за животными (кроликов и лягушек). 

В штатной единице МУНЦ БМИ работают: директор – к.м.н., доцент Кундашев У.К., ученый секретарь – к.м.н., доцент  Курамаева Т. Э.,  научный сотрудник  Таалайбекова М.Т., лаборант материально-ответственный – Акматбекова  Д. С.,  старший лаборант   Сыдыкова  С. С., лаборантка Мамырбекова Б.М.

1. «Особенности работы головного мозга на фоне нарастающей информационной нагрузки у лиц проживающих в пгт . Каджи-сай».Исполнитель: аспирант Тилегул кыз А. и для проведения хронических экспериментов на базе ЦНИЛ в барокамере аспирантам Арстанбекову М., Топчубековой Т. и  Сушанло Р. (каф. патфизиологии);
2. «Влияние милдроната на метаболизм миокарда у животных  с катехоламиновым кардионекрозом в условиях высокогорья и при реадаптации к низкогорью».Исполнитель: научный сотрудник  МУНЦ БМИ (заочный аспирант  каф. биохимии) Таалайбекова М.Т.
3. «Морфологическая и биохимическая характеристика сердца при экспериментальном кардионекрозе в условиях низкогорья после реадаптации».  Исполнитель: аспирант кафедры гистологии Кенешов Ж.Т.
4. «Сочетанная патология грудного протока крыс при хронической болезни почек, остром панкреатите, действии тератогена, а также морфология внутренних органов под влиянием еды быстрого приготовления (в особенности морфологии лимфангионов кишечника)». Исполнители студенты: Алымкулов А.Т., Ахмедов Х.З., Салиева К.А., Абдукадырова М.К., Тулегенова Д.Т., Акматбекова А.А., Кумарбекова А.Т., Таджиева А.С. (каф. нормальной и топографической анатомии);
5. «Резекция кишечника». Исполнители студенты (каф. травматологии).

1. «Клинико - морфологическая оценка течения и ответа на терапию гломерулопатий в условиях Кыргызской Республики». Научный руководитель: профессор, д.м.н Р. Р. Калиев.
2. «Морфофункциональные  тканевые реакции модифицированной  противоопухолевой терапии». Научный руководитель: д.м.н., профессор, Кудайбергенова И.О.).
3. «Питание и показатели пищевого статуса (физическое развитие и состояние здоровья) детей и подростков в северных, южных и высокогорных регионах КР на современном этапе».  Научный руководитель: к.м.н., профессор Эсенаманова М.К.
4. «Мониторинг антибиотикорезистентности некоторых актуальных штаммов микроорганизмов в КР».  Научный руководитель: д.м.н., профессор Адамбеков Д. А.
5. «Нейровизуализация цереброваскулярной патологии и опухолей головного мозга, современное состояние проблемы в Кыргызской республике. Усовершенствование и перспективы ранней диагностики  и лечения сосудистых и онкологических заболеваний головного мозга». Научный руководитель: д.м.н., профессор  Ырысов К. Б.

1. "Клинико-морфологическая оценка течения и ответа на терапию гломерулопатий в условиях Кыргызской Республики" . Научный руководитель: д.м.н.профессор Калиев Р.Р.    
2. "Нейровизуализация цереброваскулярной патологии и опухолей головного мозга, современное состояние проблемы в Кыргызской республике. Усовершенствование и перспективы ранней диагностики  и лечения сосудистых и онкологических заболеваний головного мозга". Научный руководитель: профессор Ырысов К.Б.
3. "Мониторинг антибиотикорезистентности некоторых актуальных   возбудителей бактериальных инфекций на современном этапе в КР"      Научный руководитель: профессор Адамбеков Д. А.     
4. "Разработать персонифицированную программу профилактики  инфаркта миокарда у кыргызов на базе клинических, генетических, лабораторных и функциональных методов исследования". Научный руководитель: профессор Молдоташев И.К.
5. "Морфофункциональные тканевые реакции модифицированной противоопухолевой терапии". Научный руководитель: профессор Кудайбергенова И.О. 
6. "Анализ заболеваемости и реабилитация лиц, проживающих в зоне урановых хвостохранилищ Кыргызской Республики". Научный руководитель: профессор Тухватшин Р.Р..