Фармацевтический факультет организован при Кыргызском Государственном медицинском институте в 1981 году. Курс ботаники и фармакогнозии создан на базе кафедры биологии при заведовании профессора М.А. Аймамбетова. Ответственным за курс ботаники назначен  С.А. Абдырасулов,  по фармакогнозии А.Д.  Мураталиева.

С увеличением набора студентов произведена реорганизация курсов ботаники и фармакогнозии, которые в 1998 году перешли на кафедру фармацевтической химии и технологии лекарственных форм.

В 2000 году был создан  институт фармации при дирекции доцента С.А. Абдырасулова. В 2005 году было разделение на две кафедры: фармацевтической химии и фармакогнозии; управления фармацевтического дела и технологии лекарственных средств. 

В 2009 г. кафедра фармацевтической химии и фармакогнозии  была переименована на кафедру фармакогнозии и химии лекарственных средств. С 2009 года и по настоящее время кафедрой заведует доцент А.Д. Мураталиева. Сегодня кафедра работает по новому Государственному стандарту 3 поколения, уделяется большое внимание учебно-методической работе.

 Научный потенциал кафедры состоит из 24 сотрудников, из них 1 кандидат фармацевтических наук, 2–биологических наук, 3-химических наук, 1–старший преподаватель,   10-преподавателей, 1 старший лаборант и 4 лаборанта.

На кафедре преподается 12 дисциплин с 1 по 5 курс дневного и вечернего отделения (на базе высшего медицинского образования и средне-специального фармацевтического образования).

Научная работа направлена на последовательное создание интегральной системы управления обеспечения населения Кыргызской республики фитопрепаратами из местного лекарственного растительного сырья.

Инициативная тема кафедры «Комплексная система по рациональному использованию природных лекарственных ресурсов Кыргызской республики».

Кафедра тесно сотрудничает с ведущими ВУЗами стран СНГ: 1-ой Московской медицинской академией имени И.М. Сеченова, Новосибирской государственной медицинской академией, Ташкентским фармацевтическим институтом, Башкирским государственным медицинским университетом, а также с научными институтами: Инновационным центром фитотехнологии НАН КР и другими кафедрами КГМА имени И.К. Ахунбаева.

1. Общая химия
2. Физическая и коллоидная химия
3. Аналитическая химия
4. Органическая химия
5. Ботаника
6. Фармацевтическая химия
7. Фармакогнозия
8. Токсикологическая химия
9. Экология
10. Стандартизация и контроль качества лекарственных средств
11. Ресурсоведение

Научная тема кафедры: «Комплексная система по рациональному использованию природных лекарственных растительных ресурсов Кыргызской Республики».