Кафедра офтальмологии организована  приказом ректора Киргизского государственного медицинского института  № 226 от 10 декабря 1941 года. Возглавил кафедру д.м.н., профессор Дудинов Олимпий Аврамиевич. Он заведовал кафедрой с 1941 по 1955 годы. В эти годы были подготовлены первые офтальмологические кадры для практического здравоохранения.

С 1956 по 1981 годы кафедрой заведовала профессор С.М. Доброва. В этот период при активном участии сотрудников кафедры была внедрена микрохирургия глаза. С 1981 по 1994 годы кафедрой заведовал профессор А.Н. Медведев. В эти годы началось активное освоение современных технологий при лечении заболеваний органа зрения. С 1994 по 1997 годы кафедрой заведовала доцент М.К. Дикамбаева. Начиная с 1996 года впервые в истории офтальмологической службы  Кыргызской Республики, началось сотрудничество с Международной офтальмологической организацией «Оrbis», США. С 1997 по настоящее время кафедрой заведует профессор О.Д. Джумагулов. С 2001 года офтальмологи республики стали членами Общества офтальмологов тюрко-язычных стран.

На кафедре  преподается клиническая дисциплина – офтальмология,

Научная деятельность кафедры направлена на изучение глаукомы,

заболеваний зрительного нерва, возрастной макулодистрофии сетчатки, энергетической хирургии катаракты, первичной инвалидности вследствие патологии органа зрения.

Начиная с 1998 года на кафедре защищены 8 кандидатских диссертаций, среди них одна диссертация гражданина из Иордании. Оформлены 22 изобретения и 26 рационализаторских предложений. Совместно с медицинским центром «Дордой офтальмик-сервис», кафедра офтальмологии провела 5 Международных Центрально-Азиатских конференций по офтальмологии.

Конференциям предшествуют  учебные курсы по актуальным проблемам офтальмологии. В качестве лекторов выступали известные офтальмологи из России, США, Японии, Германии, Италии, Турции,  Республики Южной Кореи.