Факультет усовершенствования врачей был открыт в КГМИ в соответствии с распоряжением Совета Министров Киргизской ССР от 23.12.1963 года за № 792-Р.

С 1963 по 1965 года   на факультете работало три доцента и три ассистента, усовершенствование врачей проходило по 6 направлениям.

В связи с возросшей потребностью и необходимостью увеличения охвата врачей курсами усовершенствования, с 1966 по 1969 годы увеличивается число направлений и штат преподавателей. Усовершенствование проводится по 13 специальностям, а штат увеличивается на 7 человек.

К 1969 году количество ППС, работающих на факультете усовершенствования врачей составило 50 человек, из них:

• Профессоров – 3 человека;
• Доцентов – 12 человек;
• Кандидатов медицинских наук – 35 человек.

В 1978 году на базе факультета усовершенствования врачей создана кафедра терапии и хирургии, курсы усовершенствования врачей охватили и стоматологические направления, в целом, усовершенствование врачей проходили по 22 специальностям.

Курсы повышения квалификации по педагогике и психологии высшей школы были созданы в 1999 году с открытием Института практической педагогики на базе КГМА им. И.К. Ахунбаева. Занятия проводились для преподавателей и аспирантов.

В январе 2019 года создан Центр дистанционного обучения и повышения квалификации.

В настоящее время курсы повышения квалификации проводятся по 26 направлениям. К лицензированию подготовлены 7 программ.

• Планирование и учет циклов по программам дополнительного профессионального образования: повышение квалификации, профессиональная переподготовка, обучающие семинары для медицинских работников, в том числе и для непрерывного медицинского образования.
• Организация работы по программам дополнительного профессионального образования на основании заявлений курсантов и заявок медицинских организаций.
• Составление проектов приказов ректора об организации плановых и дополнительных циклов по программам дополнительного профессионального образования и зачисление на них слушателей.
• Организация работы по учету слушателей, проходящих обучение в ЦПКиНО по программам дополнительного профессионального образования.
• Подготовка, оформление и выдача документов установленного образца для слушателей, успешно освоивших дополнительную профессиональную образовательную программу, в соответствии с действующим законодательством КР.
• Повышение педагогической квалификации ППС КГМА с учетом их потребностей и предпочтений в формах и средствах обучения.
• Внедрениев образовательный процесс технологий электронного и дистанционного обучения.
• Внедрение новейших достижений педагогической науки, в сочетании с традиционной и инновационной форм обучения в педагогическую практику профессорско-преподавательского состава КГМА.
• Совместно с кафедрами, разработка необходимой документации (проектов образовательных программ, стандартов, типовых планов, квалификационных требований и др.) и регламента проведения новых медицинских профессий в реестр профессий Кыргызской Республики.
• Организация выездных тематических краткосрочных курсов повышения квалификации на местах для практикующих врачей согласно запросу местных органов управления.
• Участие и организация республиканских, международных и отраслевых симпозиумов, семинаров, тренингов, конференций по передаче опыта непрерывного медицинского образования и оценки потенциала здоровья различных групп населения, оценки качества медицинских услуг.
• Участие в подготовке законодательных, нормативных, директивных и других документов, а также аналитических материалов для обсуждения на совещаниях разного уровня.
• Осуществление учета и ведения документации ЦПКиНО.
• Осуществление хранения документации ЦПКиНО.